PROGETTAZIONE MOLECOLARE E RELAZIONI STRUTTURA PROPRIETA'

Anno accademico 2017/2018 - 1° anno
Docente: Giuseppe TRUSSO SFRAZZETTO
Crediti: 6
SSD: CHIM/06 - CHIMICA ORGANICA
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 108 di studio individuale, 42 di lezione frontale
Semestre:

Obiettivi formativi

Obiettivo del corso è la selezione“intelligente” di nuove strutture da sintetizzare utilizzando le potenzialità della chemioinformatica nella progettazione molecolare


Prerequisiti richiesti

Conoscenze di base di chimica organica e statistica multivariata


Frequenza lezioni

Obbligatoria


Contenuti del corso

Rappresentazione delle strutture molecolari e creazione di databases strutturali. La meccanica molecolare. La dinamica molecolare. Le cariche negli atomi e nelle molecole. Descrittori molecolari. Metodologie multivariate per lo studio delle relazioni quantitative fra struttura molecolare e proprietà macroscopiche (QSPR) o attività biologica (QSAR).

QSAR. Il docking molecolare. Il metodo GRID. Due importanti descrittori molecolari: pKa, log P.

Progettazione di architetture supramolecolari:dalle molecole alle "supramolecole" mediante self-assembly ordinato.


Testi di riferimento

appunti dalle lezioni



Programmazione del corso

 *ArgomentiRiferimenti testi
1*Coordinate spaziali, matrice Z, superfici di energia potenziale 
2*Meccanica Molecolare, Force Fields, Minimizzazione energetica 
3*Dinamica Molecolare, Cenni sui metodi Ab-Initio e Semiempirici 
4 Utilizzo di software per progettazione molecolare 
5 GRID, ALMOND 
6*Descrittori molecolari: pKa e logP 
7*Progettazione Supramolecolare: il legame ad idrogeno 
* Conoscenze minime irrinunciabili per il superamento dell'esame.

N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame.

Verifica dell'apprendimento

Modalità di verifica dell'apprendimento

Colloquio orale sugli argomenti svolti durante il corso e breve relazione su articolo scientifico inerente la materia


Esempi di domande e/o esercizi frequenti

1. simulare la matrice z del benzene

2. differenze tra metodi ab-initio e semiempirici

3. elencare i principali Force Fields di dinamica molecolare